刘贺荒淫无道，不顾江山社稷，这才被霍光废掉；而司马奕自即位以来，勤勤恳恳，恪守孝道，虽然没什么文治武功（大权都在桓温那，即便司马奕有心，也是无力），但万万不到废立的地步。
这就难坏了桓温，理由是一定要有的，皇帝也是一定要废的。桓温绞尽脑汁，终于想到了一条很奇葩的理由：皇帝搞同性恋！
司马奕当时和相龙、计好等大臣关系不错，晚上经常留他们在内宫住宿，这件事传到桓温耳中，皇帝就成了“同性恋”。这个实在有些无厘头啊！按照桓氏理论，当年刘备和诸葛亮“出则同车，卧则同寝”，两人也是同性恋咯。往近了说，你桓温前两天不是还和郗超一起睡过么…
为了支持这个理论，桓温买通了御医，让他们制造皇帝阳痿的谣言（关于阳痿患者能否搞基这一艰深问题，在此不做研究）。这下问题大了：皇帝既然不能行房事，那三个儿子是怎么来的？！更可怕的是，司马奕居然要册封来历不明的“野种”为储君，这不是企图颠覆大**山吗？
司马奕做梦都不会想到，留几个人在内宫睡觉，居然会睡出这么多事来。
既然政策已定，接下来就是照章行事了。废立皇帝此等大事，必须经由太后之手，司马奕亲政后，褚太后随之退居二线。好景不长，残酷的现实第三次将老太太推到了风口浪尖上。在桓温的逼迫下，褚太后不得不在提前准备好的诏令上签字。但老太太提出了一个条件：在诏书上加几行字，也是表露她心情的几句话：
“未亡人不幸罹此百忧，感念存没，心焉如割！”
还有比这更令人痛心的吗？
老太后的痛苦，桓温是不知道的，他只知道自己废立皇帝的心愿即将达成，古往今来，没有几位大臣能做到的事，他桓温做到了；进出朝堂时，连谢安都要行三跪九叩礼；只要他愿意，晋朝的江山甚至可以改姓桓。
不久后，司马奕被赶出朝堂，随即被废为东海王。司马奕身着素衣；头戴白帢帽——东晋只有天子才能戴的一种帽子，这是唯一能表明司马奕身份的穿戴，独自一人从西门走出皇宫，前来送别的大臣从太极殿一直排到神虎门，碍于桓温的权势，他们欲哭而不得，只能掩面目送司马奕出宫门。
这里有人会问了：司马奕为什么不抗争呢？桓温不是诬陷自己性无能吗？站出来澄清就是了。我们不妨设想，若司马奕果真如此做，其结果呢？无非是激怒桓温，然后人头落地罢了！司马奕再聪明不过，好死不如赖活这条道理他非常清楚。
于此同时，桓温准备好銮驾，亲自去琅琊王府接司马昱进宫。一切仪式按照新皇帝即位操办。是年，公元371年，52岁的司马昱登上帝位。司马昱是晋元帝司马睿的小儿子，晋明帝司马绍的小弟弟（司马昱做梦都不会想到，天命之年还能坐上龙椅…）。
桓温向司马昱宣读完废立诏书后，司马昱什么都没说，只是不停地流泪。桓温做贼心虚，于是草草了事。
司马奕虽然被废，好歹留了一条命，但其他人可就没这么幸运了：司马奕的妃子们和三个儿子全部被杀；忠于司马奕的庾家几乎被灭族；东晋朝堂几乎被大换血。
司马昱对桓温的做法非常不满，他直截了当地对桓温说：“晋室的国祚如果还能延续，还望桓公以天下社稷为重；若不能延续，朕请求逊位，明公大可以另立有德之人！”几句话，把桓温惊出了一身冷汗，不得不放松对旧臣的迫害。
桓温不是王莽之流，他必须顾忌天下人的心愿，或者说，他还没有做好篡位的心理准备。
至于被废掉的司马奕，一贬再贬，最后以海西县公的身份被软禁。经此大变，司马奕心灰意冷，再也不过问政事，安安稳稳地过完15年的余生后，于公元386年病逝（善终，最好不过的结果）。
有意思的是，废完皇帝，桓温却上书皇帝，请求前往姑孰镇守；司马昱百般劝说，求他留下来辅佐政事，甚至给了他丞相、大司马等一大堆官衔，但都被桓温拒绝了。不久，桓温率军回到姑孰，做起了边将。
辛苦半天，最后还是一个边将，桓温这么做到底是为了什么？
桓温不仅是一个权臣，更是一位将军，戎马半生，他已经习惯了枕戈待旦的军营生活，猛然让他与宽袖长袍的士人共处一室，桓温会感觉不自在；二者，桓温深受儒家忠君爱民思想的熏陶，剥开华丽的权势外表，桓温打内心里为自己的不臣行为感到不齿，更何况司马氏待他不薄呢？；三者，桓温对司马昱这个老朋友心里多少有些感情，不忍心夺他的位。
当然，前两点是笔者擅自揣测的，桓温当时的真心想法，恐怕只有他自己知道（也可能不知道）。但是第三点，即将得到印证。
在这种情况下登上帝位，司马昱心里很不好受，毕竟，没有人愿意当傀儡。·
心情对健康的影响很大，更何况司马昱已经知天命了呢！皇帝还没做三个月（没出三包期），司马昱即身染重病，弥留之际的司马昱，开始提笔写遗诏：
“朕百年后，太子昌明（司马曜字）即帝位，大司马桓温当效仿周公，尽心辅佐。天子年幼，大司马代行天子之事，负责处理国家政事。”写完遗诏，司马昱总觉得少了些什么，于是补充了两句：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之！”
耳熟吧？刘备病危时，也是对诸葛亮这么说的，刘禅在诸葛亮的辅佐下，将先帝基业发扬光大，成为一支足以和曹魏并驾齐驱的力量。可惜的是，司马昱不是刘备，桓温亦非诸葛孔明。
写完遗诏，司马昱就死了，这位傀儡皇帝享国日浅，没啥好说的，不久后，东晋群臣为其上谥号，曰“简文”，是为简文帝。
桓温本以为老朋友会将龙椅送给自己，没想到竟找了个十岁的小娃娃顶事。是可忍，孰不可忍！桓温的怒火爆发了，火焰从姑孰一直烧到建业。群臣得知后，吓得大气都不敢出，只得把遗诏压下去完事。
但皇帝死了，皇位悬空着也不是个事啊！正当大家一筹莫展之际，有人说：“将大司马请回来吧！反正诏书规定了两种内容，不如让大司马看着办！”
在这个节骨眼上，尚书王彪之挺身而出：“天子驾崩，太子即位，此乃天经地义的事，他桓温有什么理由反对？！诸位都是晋室的臣子，怎能为了自身安危，置天下于不顾？太子即位一事不可再拖了！”
有了这句话，群臣不再犹豫，立即尊司马昌明为天子，即日行加冕礼。按照遗诏，桓温应当入朝辅佐，可谁请呢？
一大群人环视一圈，目光最后落到了谢安身上：“就你和桓温关系比较不错，你不去谁去？”谢安躲不过，就以朝廷的名义给桓温写了封信，请后者回朝辅政。
桓温正在气头上，接到这封信，便料定是谢安搞的鬼，偷偷把诏书改了。想到这，桓温暴跳如雷，立即发兵建业，想找谢安等人的麻烦。由于谢安在信中提到了王坦之，这哥们儿也跟着倒霉了。
桓温很快到达建业，然后把东晋大臣们喊到一块儿，率重兵包围起来。一般的大臣哪见过这种架势，吓得都尿了裤子，只有谢安这个不是一般人的人泰然自若。
桓温很奇怪，就问谢安，“你就不怕我砍了你？”
谢安面不改色，“朝廷养兵千日，没想到竟用在这一时，不防备外敌入侵，却加以忠臣斧钺，这是何道理？”
桓温笑道，“言之有理啊！”于是撤去了军队。没有了军队的参与，谢安长出一口气，紧张的氛围也随之缓解。
“早上吃的什么啊？”
“米粥”
“…”
“…”
两人越聊越投机，不知不觉间，桓温竟打消了对谢安的猜疑。令人大跌眼镜的是，东晋的国祚竟居然靠着谢安不可思议的人格魅力得以延续。（谢安号称东晋第一大帅哥，不排除桓温老头子搞基的嫌疑，还诬陷人家司马奕，哼哼）
桓温本打算马上返回姑孰，不料生了一场病，就在建业多待了十四天。病情稍稍好转后，桓温回到姑孰，之后，桓温的病情加重，一日不如一日。
桓温自知将不久于人世，就要求皇帝加赐九锡，企图让子孙篡位。谢安等人心里清楚：桓温活不了多长时间了。最好的办法就是一个字：拖，直到拖死桓温为止！因此，凡是桓温的表章，谢安和王坦之一律拖延：回信写了改，改完重写，一连拖了十几天。
灯枯油尽的桓温是禁不住拖的，四个月后，桓温病逝。