王敦的部队进展神速，正月十四起兵，到阳春三月时已抵达石头城下（建业西面的军事要塞）。陶侃甘卓等人已经攻下武昌，两军总兵力只有一万人，后方的这点威胁对王敦来说只能说聊胜于无，远水救不了近火；况且王敦还派表弟魏乂率两万人攻打长沙，这两万人对晋军的牵制作用非常明显。
关键时刻，司马睿不得不启用王导，他不仅恢复了王导的官职，还把虎符交给了他，令加前锋大都督一衔，节制前线所有部队；然后派周札驻守石头城，刘隗守卫金城（南京周围的军事要塞），以抵挡王敦的进攻。王敦这个军衔很有问题，名义上为总司令，实际上任何部队都不受他指挥；王敦也懒得管，一边是堂兄，一边是皇帝，两头都不好得罪。
在先攻哪城的问题上，王敦听从部将杜弘的建议，攻下了石头城。石头城失守，通往建业的最后一道屏障烟消云散，此时的建业犹如一个婴儿无助地暴露在强盗面前。元帝接到战报，极为震惊，他召集南京城里所有部队（包括皇宫禁军），交到刁协手上，命他和戴渊以及刘隗三路合击刘敦。
此三人都是文臣出身（戴渊接替祖狄之前，一直在朝为官），当然不是科班出身的王敦的对手，王敦毫不犹豫，分三路出击，用漫山遍野的尸体和四处流淌的赤色血河，给三人上了一堂生动的军事实践课。
城外惨败，东宫司马绍坐立难安，他披上盔甲，率领东宫的护卫队，直奔城门而去，战马没跑出去多远，老师温峤喊住了他，温峤快步追上司马绍，劈头就是一通狠批：“你可是国家的储君！带兵打仗是你的职责吗？大敌当前，不思退敌之策，却要出去送死！”
温峤的一番话很有效果，它为东晋留住了一位明君。
刘隗等人经过一番拼死作战，好容易回到建业，他们顾不得清理沾满血污的盔甲，径直来到皇宫，司马睿面前。
“陛下！臣等作战不利，请陛下责罚！”
“罢了罢了！”皇帝扶起两人，“叛军兵势浩大，不是你等可以退敌的。”
刘隗道，“陛下，王敦贼子是冲臣来的，请陛下赐臣一死，建业之围或可解矣！”
“你怎么就不明白呢？”司马睿叹口气，“王敦发兵的目的是朕，是朕的天下！你就是死上一千次，一万次，王敦都不可能退兵！两位爱卿的忠心，朕再清楚不过，你们为臣者的责任已经尽到，车马侍从朕都给你们安排好了，速速逃命去吧！”司马睿挥挥手，大步踏入内室。
事已至此，跑吧！刁协行至江乘（今江苏句容北），被属下所杀；刘隗逃到后赵，官至太子太傅，后随石虎征前赵，战死于潼关，卒年六十一。
当初，王敦是打着“清君侧”的名义发兵的，现在刘隗逃入赵国，如果王敦还咽不下这口气，尽可以去找石勒要人。假设单纯按照当初的意图，王敦应该撤兵才是，可他非但没撤军，反而纵容部下进入建业城大肆抢劫，不仅抢普通百姓，连朝廷官员也不放过。如果说王敦此前还披着一只羊皮，那么至此，这匹狼的锋利獠牙终于彻底暴露。
皇帝的性命完全掌握到王敦手上，做伊尹还是王莽，全在他一念之差。迫于王敦的巨大威胁，司马睿带领百官去石头城“拜见”王敦——臣下被皇帝参拜，千古奇闻！王敦终于看到了他期望的结果：
连皇帝都向自己臣服，能有什么比这更刺激？
令他郁闷的是，这些人虽然表示服从他，却无一人面露谦卑之色，羞辱了戴渊等人一番后，他认识到，司马睿杀不得，否则，他会成为全天下的敌人！既然皇帝动不得，那么皇太子呢？
众臣坚定地告诉他：“不行！”
盛怒之下，王敦杀了戴渊和周顗（yi）。
死讯传到武昌，甘卓极为忧虑，大军一时进退维谷，甘卓想驰援建业，却投鼠忌器，皇帝就在王敦手上，这次只是戴、周二人，甘卓挥师东进，一旦逼急王敦，下次就是司马睿。大军逡巡不前，从武昌到猪口用了足足四十天时间，猪口的具体位置不祥，据推测，应该离武昌不远，王敦用了两月时间从武昌打到建业，甘卓的优柔寡断可见一斑。
考虑再三，甘卓接受了王敦的建议，撤军襄阳，再作打算。从当时的局势来看，王敦的战线长达千里，甘卓完全有能力选择一个薄弱点，继而突破，将叛军一分为二，彼时，武昌和建业将失去联系，然后集合行军途中的各地勤王部队，叛乱旦夕可平。
甘卓担心皇帝，部属们则苦苦劝告他，千万不能西进襄阳，如此一来，晋室比之现在将更加危险！甘卓却一意孤行，史书记载甘卓，“为人有雅量，谦逊平和”。关键时刻，甘卓掉了链子，突然变得刚愎自用，强横暴虐。俨然一个人格分裂症患者。
甘卓刚到武昌时，建业尚未失陷，战机稍纵即逝，更何况长达四十天！当甘卓移师襄阳时，他得到消息：建业失守。因为担忧皇帝的安危，所以不敢冒进；如今却把皇帝推向了更为危险的境地。
除去甘卓，王敦的战线上还有一个不大不小的威胁：长沙。说不大，是因为从地理上看，长沙与建业相去甚远，也不在王敦的行军路线上；但是也不小，有这么一颗钉子楔在王敦后方，随时可以向北攻打荆襄地区，那可是王敦的老家！
因此，王敦分兵两万攻打长沙。长沙守将是王氶（cheng），长沙将士不多，粮食更少，城池也不坚固，一个城池，这最基本的三要素一个都不具备，怎么守？王氶赶紧派部将邓骞向甘卓求救，甘卓当时正在武昌附近转圈圈，不仅没搭理王氶，反而想留下邓骞（不带这么挖墙脚的）。
友军靠不住，王氶索性横下心来：大不了与长沙共存亡！他亲自带头修城墙，与将士们同甘共苦，抵挡住了魏乂的一**攻势，直到一封信射入城中：建业失守！
王氶恸哭一番后，写了封信，并亲自射入城下：上至本将军，下至百姓，长沙人誓除王敦反贼！魏乂看完信勃然大怒，大大加强了攻势，他把部队分成两拨，日夜攻城。苦战一百余日后，长沙终于告破。王氶等人尽数被俘，后被杀于押送途中。
武昌、长沙，王敦的两个心腹大患逐一被除去，他终于得以独揽朝政。司马睿成了一个空壳皇帝，无限愤懑之下，他干脆退居二线，让太子司马绍总领朝政，其实就是让儿子接替自己的傀儡位置，代己受过。
公元322年六月十一日，年仅24岁的太子司马绍登基，史称晋明帝（对于明帝的即位问题，史书颇有争议，笔者认为明帝登基（322）先于元帝去世（323），故元帝应为禅让）
司马绍面临的情况比他爸登基时好不了多少。一个是江东士族的蔑视，一个是中原大族的逼迫没，都不好受。难父难子啊（明帝的苦难远甚于元帝）！
王敦没有因为新皇帝的原因有所收敛，反而有变本加厉之势。四方进贡的奇珍异宝全部进了他的腰包；而且擅自撤换百官，到处安插王氏族人，江南士族几乎被逐出朝野。王导身为丞相，却对此睁只眼闭只眼，王导的默许态度素为世人诟病。
东晋的江山虽然还姓司马，实际与王无异。
事情发展到这个局面，不得不让人回想起王衍那段评论和“狡兔三窟”的故事。